Suporte ao Paralelismo Multi-Core com FastFlow e TBB em uma Aplicação de Alinhamento de Sequências de DNA

  • Júnior Löff
  • Dalvan Griebler
  • Edans Sandes
  • Alba Melo
  • Luiz G. Fernandes

Resumo


Quando uma sequência biológica é obtida, é comum alinhá-la com outra já estudada para determinar suas características. O desafio é processar este alinhamento em tempoútil. Neste trabalho exploramos o paralelismo em uma aplicação de alinhamento de sequências de DNA utilizando as bibliotecas FastFlow e Intel TBB. Os experimentos mostram que a versão TBB obteve até 4% melhor tempo de execução em comparação à versão original em OpenMP.
Publicado
06/05/2018
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LÖFF, Júnior; GRIEBLER, Dalvan; SANDES, Edans; MELO, Alba; FERNANDES, Luiz G.. Suporte ao Paralelismo Multi-Core com FastFlow e TBB em uma Aplicação de Alinhamento de Sequências de DNA. In: ESCOLA REGIONAL DE ALTO DESEMPENHO DA REGIÃO SUL (ERAD-RS) , 2018, Porto Alegre. Anais [...]. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2018 . ISSN 2595-4164.